Remontée à travers le grand nombre de diaclases et failles, l'eau minéralisée (repérée actuellement là où coule le torrent Sentino) a rencontré l’eau plus froide provenant du suintement superficiel et surtout de la faille sous le lit du Sentino.

C’est dans ces plans de faille et dans les disjonctions du Calcaire massif qu’a eu origine le complexe karstique de la Grande Grotte du Vent. La date certaine de sa formation est difficile à établir. En considérant, de toute manière, que l’élément de base est l’eau sulfureuse et que celle-ci a pu remonter uniquement lorsque le Calcaire massif a été brisé et découpé par les failles, dans l’évaluation de l’âge de ces événements post-orogéniques, qui se sont vérifiés au Pliocène Supérieur, on peut affirmer que l'origine des premières salles date d’il y a un million quatre cents mille années. A cette époque, le lit du Sentino était beaucoup plus haut par rapport à sa position actuelle et toute l’hydrographie était plus élevée de deux-trois cents mètres : c’est à cette hauteur que se rencontraient, dans la montagne, le long des plans de faille, l’eau artésienne minéralisée et l’eau plus froide du torrent Sentino : leur mélange donnait lieu à la dissolution du calcaire et au dépôt du gypse. Nous pouvons observer que, lorsque le torrent Sentino se trouvait à une altitude plus élevée de 250 mètres (témoignée par l'incision sur les parois de la Gorge de Frasassi à différentes hauteurs), son régime était irrégulier et, en automne et au printemps, les crues avaient une force d’érosion considérable du fait de la forte pente du lit, si bien que les eaux creusaient rapidement la roche et son lit baissait très rapidement. Par conséquent, l’hydrographie souterraine, qui se raccordait au Sentino, subissait elle aussi une baisse tout aussi rapide en donnant naissance, à l’intérieur, à un phénomène d’érosion chimique dans les calcaires avec des conduites verticales et des petites salles, ne réussissant pas dans certains cas à laisser des dépôts de gypse du fait que la zone de réaction ne restait pas assez longtemps au même endroit.

Tout cela a été vérifié dans la réalité : en effet les cavités karstiques à l’altitude de 250 mètres sont de dimensions modestes, isolées et peu apparentes. Au fur et à mesure que le Sentino commençait à perdre de la hauteur du fait de l’érosion intense, l'eau du torrent commençait à être moins impétueuse et moins rapide : par conséquent l'hydrographie souterraine baissait plus lentement en reflétant exactement la situation d’équilibre du torrent. La zone de réaction entre l’eau sulfureuse et les eaux froides du torrent restait de plus en plus longtemps à la même altitude, en permettant la formation de ce complexe de salles grandiose que nous retrouvons aujourd’hui. Là où le niveau de remontée de l’eau sulfureuse était plus élevé que le lit du Sentino, se formaient, convergents vers le torrent, des conduits subhorizontaux de raccord hydrographique. La structure de base du complexe souterrain de Frasassi est constituée de 6-8 niveaux superposés qui représentent les cycles d’érosion du Sentino durant des longues périodes géologiques.