Les stalactites, les stalagmites, les coulées calcitiques et les petits lacs cristallisés, qui représentent la composante la plus belle des grottes, sont l’expression finale du long travail accompli par l’eau de pluie sur la roche. En effet, si les calcaires sont fissurés, l'eau de précipitation météorique qui pénètre à travers la surface du terrain circule à l’intérieur des roches en suivant leurs fissures. Puisque une certaine quantité de CO2 est toujours présente dans l’eau, le calcaire est partiellement dissout et les fissures sont élargies là où la circulation de l’eau est plus importante. Le Calcaire massif, dans la zone de Frasassi, est amplement recouvert de terrains imperméables et semi-perméables (Mont Valmontagnana). L’eau de pluie ne s’infiltre pas uniformément dans la zone, mais le long des couches et des fractures où elle transforme le carbonate de calcium de la roche en bicarbonate de calcium, lequel est soluble. A l’intérieur de la grotte, le processus chimique tend à s’inverser : l’égouttement continu cause la cession du dioxyde de carbone de l’eau à l’air. Le bicarbonate, ayant cédé le CO2, devient insoluble et se dépose en produisant des splendides concrétions ; sur la voûte des salles se forment des superbes dépôts calcitiques appelés "stalactites", nées d’un petit cylindre de calcite creux à l’intérieur duquel passait initialement la goutte et qui se sont agrandies énormément avec le ruissellement extérieur.

Les concrétions qui se trouvent à la base des salles s’appellent "stalagmites", elles sont le résultat des gouttes qui tombent sur le sol. Leurs formes sont variées et ne sont pas toujours compactes. Dans la Grande Grotte du Cent, vu l’ampleur des espaces et le grand parcours accompli par l’égouttement qui tombe de la voûte, l’eau devient très saturée et, en plus de déposer du carbonate de calcium au point d’impact, elle incruste en éventail la zone avoisinante. Ce mécanisme a permis la formation de stalagmites géantes (le groupe des géants, le château, l’obélisque) qui tendent à s’agrandir et à s’élargir en éventail parce qu’elles capturent au fur et à mesure l’égouttement plus externe. Lorsque les concrétions s’agrandissent énormément au fil du temps, elles peuvent se réunir pour former des colonnes aux formes et aux couleurs très différentes. L'eau peut ruisseler sur la roche (dans ce cas des coulées calcitiques pourront se former) ou peut stagner et former des petits lacs qui ont tendance à se saturer et à se couvrir de géodes. Dans la Grande Grotte du Vent, des vastes dépôts de gypse sont dissouts par l’égouttement continu aux étages supérieurs. Par conséquent, l’eau de suintement, ayant perdu son CO2 et chargée de sel de carbonate de calcium, dissolvant le gypse présent dans les salles supérieures, se trouve exceptionnellement sursaturée et coule en se cristallisant avec de la calcite très pure sur des petits lacs presque horizontaux. Cette particularité se vérifie dans les concrétions des Géants et dans le petit lac cristallisé (Abîme Ancône), dans le Canyon et dans la Salle des Bougies. Enfin, dans la partie plus reculée du complexe karstique, les parois sont recouvertes d’un épais réseau de vermiculations argileuses, appelées "peaux de léopard" pour leur morphologie particulière.